هیأت وزیران به پیشنهاد وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی و در تاریخ ۳/۶/۱۳۹۵ آیین‌نامه اجرایی جدیدی برای قانون مطبوعات تصویب کرد. در خصوص این آیین نامه چند نکته مهم قابل توجه است:
۱. یکی از اصول قانونگذاری آن است که نظم موجود و امنیت حقوقی ایجاد شده در پرتو آن را نباید برهم زد مگر آنکه ضرورت‌های جدی برای این امر وجود داشته باشد. بر این اساس، برای تصویب آیین نامه اجرایی جدید یا باید قانون جدیدی برای مطبوعات تصویب شده باشد یا با تغییر شرایط و اوضاع و احوال اجرای قانون با آیین نامه موجود ممکن نباشد. در صورت تغییر شرایط نیز چنانچه با اصلاح جزئی آیین نامه موجود، حصول هدف میسر باشد نباید به لغو آیین نامه موجود و تصویب آیین نامه جدید اقدام شود. با توجه به این نکته توجیه در خورملاحظه‌ای برای تصویب آیین نامه جدید مشاهده نمی‌شود. حتی بررسی تغییرات آیین نامه موجود با قبلی نشان می‌دهد که آیین نامه قبلی، در مقایسه با آیین نامه مصوب، با آزادی بیان و مطبوعات و قانون مطبوعات قرابت بیشتری داشته است.
2. با توجه به اصل سلسله مراتب قوانین که همواره مورد اهتمام دیوان عدالت اداری نیز بوده است، در آیین نامه اجرایی یک قانون نمی‌توان قلمرو شمول قانون مربوط را توسعه داد یا مضیق کرد یا حق و تکلیف کلی و حکم جدید پیش‌بینی کرد یا حکمی مغایر با قانون مربوط پیش‌بینی کرد. متأسفانه، آیین نامه جدید در هر سه مورد دچار اشکال حقوقی و قانونی است و از صلاحیت آیین نامه‌ای خارج شده است: از یک سو تلاش کرده است موضوعاتی را که خارج از شمول قانون مطبوعات هستند تحت شمول خود قرار دهد و از سوی دیگر، احکامی را که از صلاحیت آیین نامه‌ای دولت خارج است و باید در قانون پیش‌بینی شوند در خود گنجانده و به نوعی قانونگذاری کرده است. همچنین، حاوی احکامی مغایر با قانون مطبوعات است.
3. موضوع قانون مطبوعات، نشریات است اعم از مکتوب و الکترونیک. در سال 1388 استثنائاً خبرگزاری‌های خصوصی نیز تابع قانون مطبوعات شدند. بدین‌سان، در حال حاضر، نشریات و خبرگزاریها تابع قانون مطبوعات هستند و نه رسانه ها. وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی از سال 1385 تمایل شدیدی به تحت کنترل گرفتن انتشار مطلب در فضای مجازی پیدا کرده است. بر همین اساس، به مرور زمان و با تصویب مصوبات متعدد تلاش کرده است تا قلمرو شمول قانون مطبوعات را از مطبوعات و خبرگزاریها به سایت‌های خبری، پایگاه‌های خبری اینترنتی، رسانههای برخط تولید و انتشار محتوا، حامل‌های داده، وبلاگ‌ها و مؤسسه‌های خبری تسری دهد و مجموع آنها را رسانه بنامد. در حال حاضر، الگوی کنترلی سایت‌های خبری، پایگاه‌های خبری و وبلاگ‌ها، الگوی کنترل پسینی است و این حوزه، در کشور ما تنها حوزه ارتباطات جمعی با الگوی کنترل پسینی است. اصرار وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی بر بردن این تأسیس‌های رسانه‌ای زیر کنترل نظام صدور مجوز و کنترل‌های هیأت نظارت بر مطبوعات یا نظام ثبت‌نام (در مورد وبلاگ ها)، تنها حوزه‌ای را که مردم، ارتباطات عمومی بدون مجوز قبلی را تجربه می‌کنند و می‌تواند مبنایی برای اصلاح نظام کنترل نشریات نیز قرار گیرد محدود و سانسور می‌کند. بر این اساس، ماده 1 آیین نامه اجرایی که «مطبوعات و رسانه» را در کنار هم به کار برده [1]و مواد متعدد آنکه واژه «رسانه» را به جای نشریه[2] یا خبرگزاری به کار برده[3]، خروج از صلاحیت آیین نامه‌ای است. در این میان، تسری قانون مطبوعات به رسانههای الکترونیکی که به‌عنوان سامانه، اخبار و اطلاعات را به صورت مستمر برای بیش از 500 گیرنده در 24 ساعت از طریق پیامک یا شبکه‌‌های پیام‌رسان و به صورت انبوه برای دارندگان تلفن همراه، رایانه و مانند آن ارسال می‌کنند بسیار شگفت آور است (ماده 3 آیین‌نامه).
4. از نظر احکام نیز آیین نامه اجرایی جدید، ضمن حذف برخی از ایرادهای قانونی آیین‌نامه قبلی احکام جایگزین یا جدیدی مقرر کرده است که خارج از صلاحیت آیین‌نامه‌ای است. برای مثال، تبصره 1 (اصلاحی 19/1/1383) ماده 9 آیین نامه سابق می‌گفت: «درج شایعات به نحوی که اصل مطلب کذب باشد ممنوع است». تبصره2 (اصلاحی 19/1/1383) نیز مقرر می‌کرد: «نقدهای علمی جز در مواردی که انتشار مطلب علیه قانون اساسی باشد از شمول بند (12) الحاقی ماده (6) قانون مطبوعات مستثنی است.» هر دو تبصره علاوه بر ایراد ماهوی، بیان‌کننده احکامی بودند که باید در قانون مطبوعات ذکر می‌شدند نه در آیین نامه اجرایی. این دو حکم در آیین نامه جدید حذف شده‌اند اما تبصره ماده 12 مقرر کرده است: «صرف نقل آن قسمت از اخبار، مطالب یا تصاویر رسانه‌ها که موجب توقیف، لغو پروانه یا پالایش (فیلتر) آنها شده است، ممنوع است». این حکم اولاً از نظر ماهوی اشکال دارد و باب ارزیابی و نقد در خصوص توقیف، لغو پروانه یا پالایش (فیلتر) نشریات را می‌بندد؛ زیرا ارزیابی و نقد بدون نقل میسر نیست؛ ثانیاً بیان چنین حکمی در صلاحیت قانون مطبوعات است نه در صلاحیت آیین‌نامه اجرایی.
همچنین است ماده 35 آیین نامه اجرایی که فراتر از قانون مطبوعات و برخلاف آن مقرر کرده است که: مصوبات... کمیته سیاستگذاری تبلیغات شورا برای رسانه‌ها الزامی است...». تبصره 2 (الحاقی 30/1/1379) ماده 5 قانون مطبوعات می‌گوید: «مصوبات شورای عالی امنیت ملی برای مطبوعات لازم‌الاتباع است...». شناسایی صلاحیت سانسور برای کمیته سیاستگذاری تبلیغات شورای عالی امنیت ملی و تسری صلاحیت سانسور شورا و کمیته مذکور از مطبوعات به رسانه‌ها، خلاف اصل سلسله مراتب قوانین و مقررات و صریحاً خارج از صلاحیت آیین‌نامه‌ای دولت بوده و قانونگذاری است.
5. پیش‌بینی حکمی که در سال 1391 دیوان عدالت اداری اطلاق آن را مغایر قانون مطبوعات اعلام کرد از دیگر ایرادهای این آیین نامه است. طبق تبصره 2 (الحاقی 30/01/1379) ماده 1 قانون مطبوعات، «نشریه‌ای که بدون اخذ پروانه از هیأت نظارت بر مطبوعات منتشر گردد از شمول قانون مطبوعات خارج بوده و تابع قوانین عمومی است». بر این اساس، تسری قانون مطبوعات به فعالیت‌های رسانه‌ای که از هیأت نظارت بر مطبوعات مجوز نگرفته‌اند از صلاحیت وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی و دولت خارج است. با توجه به ایرادی که بر تسری شمول قانون مطبوعات از مطبوعات و خبرگزاریها به رسانه‌ها مطرح شد این ایراد بر ماده 37 آیین نامه اجرایی نیز وارد است که توقیف یا فیلتر کردن همه رسانه در صلاحیت آن نیست. ماده مذکور می‌گوید: «وزارت ارتباطات و فناوری اطلاعات موظف است در صورت صدور و ابلاغ رأی قطعی دادگاه یا اعلام رأی هیأت نظارت بر مطبوعات مبنی بر توقیف یا لغو پروانه یا پالایش (فیلتر) موقت هر یک از خبرگزاریها و رسانههای الکترونیکی، نسبت به پالایش (فیلتر) نمودن آنها اقدام کند. رسانههای چاپی در صورتی‌که توقیف یا لغو پروانه شوند پایگاه‌های خبری آنان نیز مسدود خواهد شد».[4]
6. هر چند آیین نامه اجرایی جدید تلاش کرده است تا با افزودن برخی قید و وصف‌ها به بعضی از مواد آیین نامه، آنها را شفاف کند و شاید همین امر مهم‌ترین نقطه قوت آن از نظر تهیه کنندگانش باشد اما حذف یا مجمل کردن برخی از احکام آیین نامه قبلی که به شفافیت مطبوعات کمک می‌کرد (مواد 23 تا 27) و نیز عدم توجه لازم به ضوابط شفاف‌سازی فعالیت‌های مطبوعاتی از لحاظ‌های سیاسی، سازمانی و اقتصادی، بویژه از نظر تعارض منافع مقامات و مسؤلان مطبوعاتی، خلأ اساسی آیین نامه اجرایی جدید است.